Gereja Methodist Indonesia (GMI) berasal dari pekabaran Injil Board of Foreign Mission dari Gereja Methodist Episkopal Amerika. Awalnya sasaran pekabaran Injil Methodist di Indonesia adalah orang-orang Tionghoa. Itulah sebabnya sejak perintisan 1905 lapangan pekabaran injil Methodist berpencar secara luas di beberapa pulau seperti Jawa, kalimantan dan Sumatra yang terdapat banyak orang Tionghoa.

Pada tahun 1905 Gereja Methodist yang berasal dari Amerika telah bekerja di Malaysia, Singapura dan meluaskan daerah kerjanya ke Indonesia khususnya tiga pulau besar yang berjauhan letaknya yaitu:

1. Pulau Jawa dan sekitarnya
2. Pulau kalimantan dan sekitarnya. Pekerjaan dikedua pulau ini berlangsung berhubungan dengan konfrensi Singapura
3. Pulau Sumatra dan sekitarnya yang berhubungan dengan konferensi Penang.

Pada tahun 1905, Rev. John Russel Denyes diutus menjadi misionaris Methodist pertama ke Jawa. Pada tahun itu juga Solomon Pakianathan diutus menjadi perintis Methodist pertama di Medan. Tahun 1906, Rev. Charles Worthington diutus menjadi misionaris pertama ke Kalimantan Barat. Sepuluh tahun pertama, lapangan penginjilan Methodist sudah ada di pulau Jawa, Sumatra, Kalimantan dan Bangka. Kota-kota besar dijadikan sebagai pangkalan seperti Jakarta, Bogor, Surabaya, Medan, Palembang, Pontianak, dan lain-lain.

Salah satu strategi misi Methodist ialah mendirikan sekolah-sekolah Methodist di tempat Methodist bekerja. Dengan berdirinya sekolah seperti Methodist Boy's School dan Methodist Girl's school, pengetahuan (akal budi) ditingkatkan dan pekabaran Injil dikembangkan. Terutama untuk orang-orang Tionghoa, keberadaan sekolah methodist ini disambut dengan baik orang-orang Tionghoa karena mereka dapat menikmati pendidikan di Indonesia setaraf dengan orang-orang Tionghoa yang berada di Singapura dan Malaysia. Karena pada saat itu banyak orang-orang Tionghoa yang belajar ke Singapura dan Penang.

Akhirnya pada tahun 1921 misi Methodist mulai diarahkan pada kalangan orang-orang Batak di Asahan, Sumatra bagian timur. Untuk tidak terjadinya masalah pemerintah kolonial Belanda waktu itu akhirnya membagi daerah pekabaran injil menjadi dua di daerah Sumatra Utara. Yaitu badan Zending Rheinische Missionsgesellschaft (RMG) yang sekarang kita kenal gereja HKBP (Huria Kristen Batak Protestan) bekerja di daerah Tapanuli dan Simalungun untuk menginjili orang-orang Batak sementara gereja Methodist ada di sebelah Sumatra Timur untuk menginjili orang-orang Tionghoa dan suku-suku yang ada di sana.

Sejak masuknya badan raisi Methodist ke Sumatra Timur maka terjadilah kontak antara Zending Methodist dengan Zending RMG (HKBP). Sejak tahun 1920 banyak orang-orang Batak yang pindah dari Tapanuli ke Sumatra Timur karena daya tarik kemajuan perkebunan dan perdagangan disana. Untuk mencegah ketegangan antara kedua badan ini maka tahun 1923 kedua delegasi mengadakan perundingan di Pematang Siantar, yang menghasilkan suatu kesepakatan yang antara lain berbunyi:

• Zending RMG tidak membuka jemaat didaerah yang oleh pemerintah kolonial Belanda telah ditentukan sebagai daerah Zending Methodist (Sumatra Timur), demikian pula sebaliknya. Misi Methodist tidak membuka jemaat didaerah RMG (Tapanuli dan Simalungun).
• Kalau anggota Methodist pindah ke daerah RMG, maka jemaat RMG harus menerimanya melalui surat pindah anggota, dan sebaliknya kalau anggota RMG pindah ke daerah Methodist, Zending Methodist harus menerima melalui surat pindah anggota.

Demikianlah sejak tahun 1920-an, antara RMG (HKBP) dan Methodist telah terjalin kerjasama yang baik bahkan mencetuskan semacam piagam saling mengakui dan saling menerima. Ternyata ke depannya pekabaran Injil Methodist lebih berkembang di kalangan Batak daripada Tionghoa. Sumatra Timur merupakan lapangan pekabaran injil Methodist yang paling berkembang dibandingkan dengan Jawa dan Kalimantan.

Pada tahun 1928, zending Methodist menutup pekerjaannya di Jawa dan Kalimantan, dan memusatkan pada daerah Sumatra. Pengaruh penutupan tersebut didukung dua faktor yang menyebabkan penutupan tersebut. Pertama, perjumpaan zending Methodist dengan Nederlandse Zendings Vereniging (NZV) di Jawa Barat tidak baik, sehingga badan-badan zending Belanda melalui konsulat zending di Jakarta menekan misi Methodist keluar Jawa. Kedua, adalah faktor resesi ekonomi yang melanda Amerika pada tahun 1920-an yang berpengaruh besar pada dukungan dana di lapangan pekabaran Injil di Indonesia.

Kedua alasan inilah ditambah dengan realitas pesatnya perkembangan injil di Sumatra Timur dan lambatnya perkembangan pekabaran Injil di Jawa dan Kalimantan, maka misi Methodist melakukan konsolidasi dan reorganisasi. Gedung-gedung sekolah dan rumah sakit zending Methodist sebagian diserahkan kepada zending lain dan sebagian lagi dijual. Anggota jemaat Methodist beralih atau dialihkan ke dalam asuhan badan zending lain yang berasal dari Belanda. Sejak tahun 1928, pekerjaan Methodist terpusat di Sumatera (Sumatera Utara dan Sumatera Selatan) dan bekerja di kalangan berbagai golongan etnis.

Pada tahun 1964, Gereja Methodist Indonesia menjadi gereja yang otonom. Konfrontasi politik antara Indonesia dan Malaysia menjadi penyebab utama mengapa hal ini terjadi. Sangatlah menyulitkan bagi Gereja Methodist Indonesia jika dipimpin oleh seorang Bishop warga negara Amerika dan berkantor pusat di Singapura. Pada bulan April 1964 dikirimlah dua orang utusan menghadiri Konferensi Agung Gereja Methodist di Amerika untuk meminta ijin (enabling act) supaya Gereja Methodist Sumatera Indonesia dapat mendirikan Gereja Methodist Indonesia yang otonom di Indonesia. Pada tanggal 9 Agustus 1964 pada Konferensi Tahunan Istimewa ditetapkan Gereja Methodist yang otonom di Indonesia dengan nama: Gereja Methodist Indonesia (GMI).

Pada Konferensi tersebut diputuskan, bahwa Pimpinan Pusat GMI yang otonom tidak dipimpin oleh seorang Bishop, tetapi oleh satu Dewan Pimpinan Pusat (DPP) yang terdiri: seorang ketua dan para Distrik Superitendent menjadi anggota. Pdt. Wismar Panggabean terpilih menjadi ketua dan dilantik pada tanggal 9 Agustus 1964 di GMI Jalan Hang Tuah No.8 Medan oleh Bishop H.B. Amstutz. Statistik pada saat itu: 22.000 jiwa, 21 pendeta termasuk di antaranya 5 orang misionaris. Sekelompok pendeta dan anggota jemaat yang tidak senang dengan adanya usaha mendapatkan ijin supaya Gereja Methodist Sumatera Indonesia mendirikan Gereja Methodist Indonesia yang otonom di Indonesia memisahkan diri dari Gereja Methodist dan membentuk gereja yang baru yang dinamakan Gereja Methodist Merdeka Indonesia.

Pada Konferensi Tahunan tanggal 7-12 Maret 1967 diputuskan perubahan susunan DPP tadi menjadi seorang ketua, seorang wakil ketua dan seorang sekretaris jenderal. Ketua: Pdt. Wismar Panggabean, Wakil Ketua: Pdt Johan-nes Edenata (Chong Han Giok) dan Sekretaris Jenderal Pdt. H. Sitorus, S.Th.

Pada tahun 1969, Konferensi Agung pertama diadakan di Medan. Konferensi rnemutuskan bahwa gereja haruslah dipimpin oleh seorang Bishop, jadi bukan ketua lagi. Pdt. Johanes Gullom, M.Th. terpilih menjadi Bishop yang pertama. Pada Konferensi Agung II tahun 1973, diadipilih kembali untuk kedua kalinya. Semasa pelayanannya organisasi gereja dibenahi dan dibentuk struktur baru, sehingga Bishop di dalam melaksanakan tugasnya sehari-hari dibantu oleh departemen-departemen. Buku disiplin diterbitkan untuk pertama sekali pada tahun 1973.

Pada Konferensi Agung III, 1977, Pdt. Hermanns Sitorus terpilih menjadi Bishop. Pada saat itu telah ada 33.000 jiwa, 50 pendeta, dan 101 guru Injil. Pada Konferensi Agung IV 1981, Pdt. Hermanus Sitorus terpilih untuk kedua kalinya. Selama kepemimpinannya, Gereja Methodist menggalakkan penginjilan khususnya di antara suku Batak Karo di Sumatera. Baptisan massal diadakan beberapa kali. Selama delapan tahun pada periode itu, jumlah jiwa bertambah menjadi sekitar 60.000 jiwa.

Pada tahun 1985, Konferensi Agung V kembali memilih Pdt. Johanes Gultom, M.Th. menjadi Bishop. Namun, setelah dua tahun kemudian, pada tanggal 21 Nopember 1987 di RS Mount Elizabeth Singapura, beliau meninggal dunia disebabkan sakit jantung. Selanjutnya diadakan konferensi Agung Istimewa, 8-10 Januari 1988 dan memilih Pdt. H Panggabean, MA, menjadi Bishop untuk melanjutkan sisa periode 1985-1989. Pada Konferensi Agung VI tahun 1989 dia terpilih kembali. Selama periode ini, hubungan anatara Gereja Methodist Indonesia dengan Gereja Methodist Korea berjalan dengan baik, Banyak bangunan gereja yang dibantu oleh Gereja Methodist Korea.

Pada Konferensi Agung VII, 1993 di Bogor, Pdt. Hermanus Sitorus, S.Th, B.A. terpilih sebagai Bishop. Inilah masa kepemimpinannya yang ketiga kalinya baginya. Pada saat itu statistik Gereja Methodist Indonesia sebagai berikut: 76.980 jiwa, 113 pendeta, 115 guru Injil dan 238 jemaat dan 155 pos PI. Ada dua Konferensi Tahunan dan sepuluh Distrik. Pada tanggal 14 Pebruari 1995 Bishop H. Sitourus meninggal dunia di RS Mount Eliszabeth Singapura. Pada tanggal 7-9 April 1995 diadakan Konferensi Agung Istimewa di Ciloto Jawa Barat dan Pdt. Dr. Doloksaribu, M.Th. terpilih menjadi Bishop GMI meneruskan sisa periode Bishop H. Sitourus (1995-1997).

Pada tahun 1997, Konferensi Agung VIII, Pdt. Dr. H. Doloksaribu, M.Th. terpilih kembali menjadi Bishop. Pada Konferensi Agung ini juga Pdt. Bachtiar Kwee, M.Div terpilih menjadi Pimpinan Wilayah GMI Wilayah II. Pada Konferensi Tahunan Wilayah II, 27 Juni -1 Juli 2001, Pdt. Bachtiar Kwee kembali terpilih sebagai Pimpinan Wilayah GMI Wilayah II.

Pada Konferensi Agung GMI ke-9, tanggal 9-14 Oktober 2001 di Parapat, diputuskan GMI memiliki dua bishop, Pdt. Bachtiar Kwee, M.Div. terpilih menjadi Bishop memimpin Konferensi Tahunan Wilayah 2, yang berkantor pusat di Jakarta; sedangkan Pdt. RPM Tambunan, S.Th. terpilih menjadi Bishop memimpin Konferensi Tahunan Wilayah 1, yang berkantor pusat di Medan

Pada Konferensi Agung GMI ke-10, tanggal 13-16 Oktober 2005 di Lembang, Jawa Barat, terpilih menjadi Bishop GMI Periode 2005-2009 ialah Bishop Dr. Humala Doloksaribu, M.Th. dan Pdt. Petrus Kohar, MA. Sesuai dengan keputusan Badan Episkopal ditetapkan GMI Wilayah 1 dipimpin oleh Bishop Dr. H. Doloksaribu, M.Th. dan GMI Wilayah 2 dipimpin oleh Bishop Petrus Kohar, MA. Pada tanggal 2 Juni 2006, Bishop Petrus Kohar, M.A. meninggal dunia di General Hospital, Singapura, karena penyakit acute hepatic failure (kegagalan hati mendadak). Pada tanggal 14-15 Nopember 2006 diadakanlah Konferensi Agung Istimewa di GMI Imanuel Jakarta dan Pdt. Amat Tumino, M.Min. terpilih menjadi Bishop GMI meneruskan sisa periode Bishop Petrus Kohar (2005-2009).

Sumber:
Buku Acara Wesleyan Revival "Set Us A Flame"
Jakarta, 24 Mei 2008
dikutip dari berbagai sumber di antaranya, "Mengenal GMI", Pdt. Dr. Richard Daulay, BPK Gunung Mulia, 2003 dan Buku Disiplin GMI 1997, sie. Acara Panitia).